TFEA。芯片

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFEA.ChIP

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见TFEA。芯片

分析转录因子富集

Bioconductor版本:3.14

利用ChIP-Seq实验数据分析基因集中转录因子富集的包。

作者:Laura Puente Santamaría, Luis del Peso

维护者:Laura Puente Santamaría

引文(从R内,输入引用(“TFEA.ChIP”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TFEA.ChIP")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“TFEA.ChIP”)

超文本标记语言 R脚本 TFEA。芯片: a tool kit for transcription factor enrichment
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeqGeneRegulationGeneSetEnrichmentImmunoOncologyRNASeq测序软件转录转录组
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.3)
进口 GenomicRangesIRangesbiomaRtGenomicFeaturesgrDevices,dplyr,统计,utils,R.utils、方法、org.Hs.eg.db
链接
建议 knitrrmarkdownS4Vectors情节尺度tidyrggplot2GSEABaseDESeq2BiocGenericsggrepelrcompanionTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 TFEA.ChIP_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 TFEA.ChIP_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) TFEA.ChIP_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFEA.ChIP
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TFEA.ChIP
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/TFEA.ChIP/
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