TCGAutils

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAutils

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TCGAutils

TCGA效用函数进行数据管理

Bioconductor版本:3.14

一套辅助功能检查和操纵,TCGA数据包括数据从curatedTCGAData获得实验方案。这些功能旨在简化处理,TCGA数据更易于管理。

作者:马塞尔•拉莫斯(aut (cre),卢卡斯希弗(aut),肖恩·戴维斯(施),李维沃尔德伦(aut)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

从内部引用(R,回车引用(“TCGAutils”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TCGAutils”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TCGAutils”)

HTML R脚本 TCGAutils必需品
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 预处理,软件,WorkflowStep
版本 1.14.1
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(4年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 4.0.0)
进口 AnnotationDbi,BiocGenerics,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,GenomicDataCommons,IRanges、方法、MultiAssayExperiment,RaggedExperiment(> = 1.5.7),房车,S4Vectors统计数据,stringr,SummarizedExperiment跑龙套,xml2
链接
建议 BiocFileCache,BiocStyle,curatedTCGAData,ComplexHeatmap,devtools,dplyr,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,嫁祸于,knitr,magrittr,mirbase.db,org.Hs.eg.db,RColorBrewer,readr,rmarkdown,RTCGAToolbox(> = 2.17.4),rtracklayer,R.utils,testthat,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/waldronlab/TCGAutils/issues
取决于我
进口我 cBioPortalData,RTCGAToolbox
建议我 CNVRanger,curatedTCGAData,dce,glmSparseNet
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 TCGAutils_1.14.1.tar.gz
Windows二进制 TCGAutils_1.14.1.zip
macOS 10.13(高山脉) TCGAutils_1.14.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAutils
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TCGAutils
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAutils/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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