TAPseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.TAPseq

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见TAPseq

针对TAP-seq的靶向scRNA-seq引物设计

Bioconductor版本:3.14

设计TAP-seq使用的靶向单细胞RNA-seq引物。使用Primer3为目标基因面板创建序列模板并设计基因特异性引物。使用BLAST可以估计潜在的脱靶。需要工作安装Primer3和BLASTn。

作者:Andreas R. Gschwind [aut, cre]——拉尔斯·维尔滕, Lars M. Steinmetz [au]

维护者:Andreas R. Gschwind < Andreas。Gschwind在stanford。edu>

引文(从R内,输入引用(“TAPseq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“TAPseq”)

超文本标记语言 R脚本 选择TAP-seq的靶基因
超文本标记语言 R脚本 TAP-seq引物设计流程
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews CRISPRPooledScreens测序SingleCell软件技术
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0.0)
进口 方法,GenomicAlignmentsGenomicRangesIRangesBiocGenericsS4Vectors(> = 0.20.1),GenomeInfoDbBSgenomeGenomicFeaturesBiostringsdplyrtidyrBiocParallel
链接
建议 testthatBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38knitrrmarkdownggplot2修拉glmnetcowplot矩阵rtracklayerBiocStyle
SystemRequirements Primer3 (>= 2.5.0), BLAST+ (>=2.6.0)
增强了
URL https://github.com/argschwind/TAPseq
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 TAPseq_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 TAPseq_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) TAPseq_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TAPseq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TAPseq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/TAPseq/
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