SummarizedBenchmark

DOI:10.18129 / B9.bioc.SummarizedBenchmark

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SummarizedBenchmark。

类和方法来执行基准比较

Bioconductor版本:3.14

这个包定义了BenchDesign SummarizedBenchmark类建筑,执行和评估基准实验的计算方法。SummarizedBenchmark类扩展了RangedSummarizedExperiment对象,旨在提供基础设施存储和比较的结果应用不同的方法来共享数据集。这个类提供了一个集成接口存储元数据等方法参数和软件版本以及地面真理(当这些可用)和评价指标。

作者:亚历杭德罗•雷耶斯(aut)帕特里克•金(aut (cre)

维修工:帕特里克·金<帕特里克。金正日在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SummarizedBenchmark”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SummarizedBenchmark”)

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HTML	R脚本	案例研究:单细胞RNA-Seq模拟
HTML	R脚本	特点:错误处理
HTML	R脚本	特点:迭代的基准测试
HTML	R脚本	特点:并行化
HTML	R脚本	SummarizedBenchmark:类的细节
HTML	R脚本	SummarizedBenchmark:完整的案例研究
HTML	R脚本	SummarizedBenchmark:介绍
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细节

biocViews	基础设施,软件
版本	2.12.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.6),tidyr,SummarizedExperiment,S4Vectors,BiocGenerics、方法、UpSetR,rlang,stringr跑龙套,BiocParallel,ggplot2,mclust,dplyr,消化,sessioninfo,蜡笔,宠物猫
进口
链接
建议	iCOBRA,BiocStyle,rmarkdown,knitr,magrittr,IHW,qvalue,testthat,DESeq2,刨边机,limma,tximport,readr,scRNAseq,飞溅,嘘,rnaseqcomp,biomaRt
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/areyesq89/SummarizedBenchmark//www.anjoumacpherson.com/packages/SummarizedBenchmark/
BugReports	https://github.com/areyesq89/SummarizedBenchmark/issues
取决于我
进口我
建议我	benchmarkfdrData2019
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SummarizedBenchmark_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	SummarizedBenchmark_2.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SummarizedBenchmark_2.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SummarizedBenchmark
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SummarizedBenchmark
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SummarizedBenchmark/
包下载报告	下载数据