SpatialExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialExperiment

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SpatialExperiment。

S4类空间实验处理

Bioconductor版本:3.14

定义了空间实验S4类来存储数据。主要的例子是报道利用seqFISH和10 x-visium空间基因表达数据。这包括专业的方法存储、检索空间坐标,10 x专用参数及其处理。

作者:达里奥Righelli (aut (cre),大卫。Risso (aut),海伦娜·l·Crowell (aut),卢卡斯·m·韦伯(aut)

维护人员:达里奥Righelli <达里奥。在gmail.com righelli >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SpatialExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SpatialExperiment”)

HTML	R脚本	介绍SpatialExperiment类
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,GeneExpression,ImmunoOncology,基础设施,SingleCell,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法,SingleCellExperiment
进口	BiocFileCache,DropletUtils,rjson,魔法grDevices,S4Vectors,SummarizedExperiment,BiocGenerics,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle,BumpyMatrix
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/drighelli/SpatialExperiment/issues
取决于我	ExperimentSubset,imcRtools,MouseGastrulationData,spatialLIBD,STexampleData,TENxVisiumData
进口我	ggspavis,SingleCellMultiModal,spatialDE
建议我	mistyR
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SpatialExperiment_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	SpatialExperiment_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SpatialExperiment_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpatialExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpatialExperiment/
包下载报告	下载数据