SeqGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqGSEA

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见SeqGSEA．

RNA-Seq数据的基因集富集分析(GSEA):整合差异表达和剪接

Bioconductor版本:3.14

该软件包通常通过集成差异表达和剪接提供高通量RNA-Seq数据的基因集富集分析方法。它使用负二项分布来模拟读取计数数据，这解释了测序偏差和生物变异。基于排列检验，每个基因的差异表达和剪接也可以分别达到统计学意义。

作者:王曦<希。王在newcast.edu.au >

王在dkfz.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SeqGSEA”)

PDF	R脚本	利用SeqGSEA软件包对RNA-Seq数据进行基因集富集分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(9年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	Biobase，doParallel，DESeq2
进口	方法,biomaRt
链接
建议	GenomicRanges
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SeqGSEA_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	SeqGSEA_1.34.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SeqGSEA_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqGSEA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SeqGSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SeqGSEA/
软件包下载报告	下载数据