SOMNiBUS

DOI:10.18129 / B9.bioc.SOMNiBUS

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SOMNiBUS。

酸性亚硫酸盐测序的顺利建模

Bioconductor版本:3.14

这个包的目的是基于分析点甲基化数据预定义的基因组区域,比如通过有针对性的排序,从而确定差异甲基化区域(dmr)与表型相关或特征。的方法是建立一个丰富灵活的模型允许影响,多个反是;不同的甲基化水平,顺利在基因组区域。同时,该方法还允许测序错误和可以调节细胞类型变化的混合物。

作者:Kaiqiong赵(aut),凯瑟琳·克莱因(cre)

维修工:凯萨琳克莱因<凯萨琳。克莱恩在mail.mcgill.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SOMNiBUS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SOMNiBUS”)

HTML	R脚本	分析目标与SOMNiBUS重亚硫酸盐测序数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,FunctionalPrediction,回归,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	图形,矩阵,mgcv统计数据,VGAM
链接
建议	BiocStyle,covr,devtools,dplyr,knitr,魔法,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kaiqiong/SOMNiBUS
BugReports	https://github.com/kaiqiong/SOMNiBUS/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SOMNiBUS_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	SOMNiBUS_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	SOMNiBUS_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SOMNiBUS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SOMNiBUS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SOMNiBUS/
包下载报告	下载数据