范围

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCOPE

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标准化和拷贝数估计方法单细胞DNA测序

Bioconductor版本:3.14

全基因组单细胞DNA测序(scDNA-seq)允许拷贝数概要的描述在细胞水平。这避免了与bulk-tissue测序相关的平均影响,增加了解决减少歧义deconvolving癌症积累和阐明癌症的进化史。然而,ScDNA-seq数据稀疏,吵闹,甚至高度变量在一个均匀的细胞群,由于偏见和工件在图书馆准备和测序过程中引入的。在这里,我们建议范围、规范化和拷贝数估计方法scDNA-seq数据。范围的特点包括:(1)利用特异性基尼系数对质量控制和识别/正常的二倍体细胞,进一步应用负控制样品在泊松模型规范化潜在因素;(2)建模的GC含量偏差使用采用算法嵌入到泊松广义线性模型,占不同的基因组拷贝数州;(3)问询迭代分割过程确定断点在细胞中共享相同的遗传背景。

作者:如金王、林Danyu江刘宇超(音)

维护人员:如金王<如金在email.unc.edu >

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HTML	R脚本	范围:单细胞拷贝数估计
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细节

biocViews	对齐,CopyNumberVariation,报道,DNASeq,DataImport,归一化,质量控制,测序,SingleCell,软件,WholeGenome
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.6.0),GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,GenomeInfoDb,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
进口	统计,grDevices,图形,跑龙套,DescTools,RColorBrewer,gplots,foreach平行,doParallel,DNAcopy,BSgenome,Biostrings,BiocGenerics,S4Vectors
链接
建议	knitr,rmarkdown,WGSmapp,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,testthat(> = 2.1.0的)
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源包	SCOPE_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SCOPE_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SCOPE_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCOPE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/范围
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SCOPE/
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