SCANVIS

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCANVIS

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SCANVIS。

SCANVIS——工具评分、注释和可视化接头连接

Bioconductor版本:3.14

SCANVIS是一组annotation-dependent工具分析接头连接,阅读支持预定的对齐选择的工具(例如,星对准器)。SCANVIS评估每个结的相对阅读支持(RRS)有关的背景下地方分裂读取校准注释记录。SCANVIS也注释每一个接头连接指示是否结支持注释,如果没有,它是什么类型的结(如外显子跳过,替代5”或3”事件,小说外显子)。未经路口也进一步注释指示是否诱发一个框架转变。SCANVIS包括一个可视化函数生成静态sashimi-style情节描述相对阅读支持和分裂读取次数使用电弧厚度和高度,方便用户现场支持连接。这些情节也清楚地列明未经连接使用指定的配色方案,从注释的和选择的用户还可以突出接头连接。变异和/或读取配置文件也incoroporated情节如果用户供应变体在床上格式和/或BAM文件。可视化的一个进一步的功能函数,用户可以提交多个样品的某些疾病或队列来生成一个情节通过“合并”功能——这发生在连接多个样品细节合并生成一个生鱼片的阴谋,这是对比cohorots(如时有用。疾病与控制)。

作者:菲德拉Agius < pagius nygenome.org >

维护人员:菲德拉Agius < pagius nygenome.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SCANVIS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SCANVIS”)

PDF	R脚本	SCANVIS
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	注释,ResearchField,软件,转录组,可视化,WorkflowStep
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	IRanges,plotrix,RCurl,rtracklayer
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SCANVIS_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	SCANVIS_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SCANVIS_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCANVIS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SCANVIS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SCANVIS/
包下载报告	下载数据