SBGNview

DOI:10.18129 / B9.bioc.SBGNview

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SBGNview

“SBGNview:数据分析、整合和可视化SBGN通路”

Bioconductor版本:3.14

SBGNview visalization是基于通路的工具集数据,整合和分析。SBGNview相似和互补Pathview广泛使用,具有以下主要特点:1。广泛采用系统生物学途径定义的图形符号(SBGN);2。支持多个主要途径除了KEGG数据库(Reactome、MetaCyc SMPDB,豹,METACROP)和用户定义的路径;3所示。占地5200引用默认路径和超过3000种;4所示。广泛的图形控件,包括字形和边缘属性图布局和sub-pathway突出;5。 SBGN pathway data manipulation, processing, extraction and analysis.

作者:小希盾*,Kovidh Vegesna *, Weijun罗

维护人员:Weijun罗< luo_weijun yahoo.com >

从内部引用(R,回车引用(“SBGNview”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SBGNview”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SBGNview”)

HTML R脚本 使用SBGNview通路分析基因集
HTML R脚本 快速启动SBGNview
HTML R脚本 SBGNview功能
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GeneTarget,遗传学,GraphAndNetwork,代谢组学,微阵列,通路,蛋白质组学,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,可视化
版本 1.8.0
Bioconductor自 BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证 AGPL-3
取决于 R (> = 3.6),pathview,SBGNview.data
进口 RdpackgrDevices,方法,属性,跑龙套,xml2,rsvg,igraph,rmarkdown,knitr,SummarizedExperiment,AnnotationDbi,httr,KEGGREST,bookdown
链接
建议 testthat,
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/datapplab/SBGNview
BugReports https://github.com/datapplab/SBGNview/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 SBGNview_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 SBGNview_1.8.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) SBGNview_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SBGNview
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SBGNview
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SBGNview/
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