SAIGEgds

DOI:10.18129 / B9.bioc.SAIGEgds

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SAIGEgds。

可伸缩的实现广义混合模型使用GDS文件Phenome-Wide协会的研究

Bioconductor版本:3.14

可伸缩的实现广义混合模型与高度优化的c++实现和集成基因组数据结构(GDS)文件。它是专为单一变异测试大规模phenome-wide关联研究(PheWAS)与数以百万计的变异和样本,控制样本结构和病例对照不平衡。实现基于原始SAIGE R包(v0.29.4.4单变体测试,周et al . 2018年)。SAIGEgds还实现了一些口角函数C加快Saddlepoint近似的计算。基准测试表明,SAIGEgds 5到6倍原SAIGE R包。

作者:Xiuwen郑(aut (cre)魏,周[所有](原作者SAIGE R包),j·韦德·戴维斯(施)

维护人员:Xiuwen郑< Xiuwen。郑在abbvie.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SAIGEgds”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	SAIGEgds教程
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细节

biocViews	遗传学,软件,StatisticalMethod
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0),gdsfmt(> = 1.20.0),SeqArray(> = 1.31.8),Rcpp
进口	方法、统计跑龙套,RcppParallel,接二连三(> = 3.0.0)
链接	Rcpp,RcppArmadillo,RcppParallel(> = 5.0.0)
建议	平行,蜡笔,RUnit,knitr,减价,rmarkdown,BiocGenerics,SNPRelate
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL	https://github.com/AbbVie-ComputationalGenomics/SAIGEgds
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SAIGEgds_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	SAIGEgds_1.8.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	SAIGEgds_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SAIGEgds
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SAIGEgds
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SAIGEgds/
包下载报告	下载数据