RegEnrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.RegEnrich

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见RegEnrich。

基因调控因子富集分析

Bioconductor版本:3.14

这个包是一个管道，以确定在生物过程中的关键基因调控，例如在细胞分化和细胞发育后的刺激。该流程有四个主要步骤:(1)差异表达分析;(2)调节器-目标网络推理;(3)富集分析;(4)监管机构评分和排名。

作者:陶未阳[cre, aut]， Aridaman Pandit [aut]

维护者:Weiyang Tao

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RegEnrich")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“RegEnrich”)

超文本标记语言	R脚本	RegEnrich富集基因调控因子
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，FunctionalPrediction，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GeneTarget，网络，NetworkEnrichment，NetworkInference，RNASeq，软件，转录，转录组，TwoChannel
版本	1.4.0
在Bioconductor中	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 4.0.0)，S4Vectors，dplyr，宠物猫，BiocSet，SummarizedExperiment
进口	randomForest，fgsea，剂量，BiocParallel，DESeq2，limma，WGCNA，ggplot2(>= 2.2.0)，reshape2，magrittr
链接
建议	GEOquery，rmarkdown，knitr，BiocManager，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	RegEnrich_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	RegEnrich_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	RegEnrich_1.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/RegEnrich
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/RegEnrich
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RegEnrich/
软件包下载报告	下载数据