ReactomePA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReactomePA

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见ReactomePA．

反应组通路分析

Bioconductor版本:3.14

该包提供了基于REACTOME路径数据库的路径分析功能。它实现了富集分析、基因集富集分析和一些可视化功能。

作者:于广创[aut, cre]， Vladislav Petyuk [ctb]

维护人员:guangchuangyu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ReactomePA”)

超文本标记语言	R脚本	一个用于反应组路径分析的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，GeneSetEnrichment，MultipleComparison，通路，Reactome，软件，可视化
版本	1.38.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(10年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	AnnotationDbi，剂量(> = 3.5.1),enrichplot，ggplot2，ggraph，reactome.db，igraph，石墨
链接
建议	BiocStyle，clusterProfiler，knitr，rmarkdown，org.Hs.eg.db，prettydoc，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/ReactomePA/issues
全靠我	maEndToEnd
进口我	bioCancer，epihet，ExpHunterSuite，miRspongeR，multiSight，Pigengene，scTensor
建议我	ChIPseeker，CINdex，clusterProfiler，可乐，scGPS
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ReactomePA_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	ReactomePA_1.38.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ReactomePA_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReactomePA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ReactomePA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomePA/
软件包下载报告	下载数据