RTCGAToolbox

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTCGAToolbox

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RTCGAToolbox

一个新工具出口TCGA流水数据

Bioconductor版本:3.14

管理数据从大型项目如癌症基因组图谱(TCGA)进一步分析是一个重要的研究项目和耗时的步骤。TCGA等努力,消防带项目,通过web服务和数据预处理数据公开门户网站,但它需要管理,为以下步骤下载并准备数据。我们开发了一个开源的和可扩展的基于R消防带预处理的数据端数据和证明其使用样本案例研究。结果表明,RTCGAToolbox可以提高数据管理TCGA研究人员感兴趣的数据。此外,它可以结合其他分析管道进行数据分析。

作者:穆罕默德Samur (aut),马塞尔•拉莫斯(aut (cre),路德维希Geistlinger(施)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

从内部引用(R,回车引用(“RTCGAToolbox”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RTCGAToolbox”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RTCGAToolbox”)

HTML R脚本 RTCGAToolbox教程
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DifferentialExpression,GeneExpression,测序,软件
版本 2.24.0
Bioconductor自 BioC 3.2 (r - 3.2)(6.5年)
许可证 文件许可证
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 BiocGenerics,data.table,DelayedArray,GenomicRanges,GenomeInfoDb,httr,limma、方法、RaggedExperiment,RCircos,RCurl,RJSONIO,S4Vectors(> = 0.23.10),统计数据,stringr,SummarizedExperiment,生存,TCGAutils(> = 1.9.4),XML
链接
建议 BiocStyle,Homo.sapiens,knitr,readr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL http://mksamur.github.io/RTCGAToolbox/
BugReports https://github.com/mksamur/RTCGAToolbox/issues
取决于我
进口我 cBioPortalData,TCGAWorkflow
建议我 TCGAutils
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 RTCGAToolbox_2.24.0.tar.gz
Windows二进制 RTCGAToolbox_2.24.0.zip
macOS 10.13(高山脉) RTCGAToolbox_2.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTCGAToolbox
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RTCGAToolbox
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RTCGAToolbox/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网