ROSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.ROSeq

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见ROSeq

scRNA-Seq数据的耐噪声差异表达分析的表达等级建模

Bioconductor版本:3.14

ROSeq -一种基于秩的方法来建模基因表达过滤和标准化的读计数矩阵。ROSeq以过滤后归一化的read matrix和cell-annotation/condition作为输入,确定对比组单细胞之间的差异表达基因。其中一个输入参数是要使用的核数。

作者:Krishan Gupta [aut, cre], Manan Lalit [aut], Aditya Biswas [aut], Abhik Ghosh [aut], Debarka Sengupta [aut]

维护者:Krishan Gupta

引文(从R内,输入引用(“ROSeq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ROSeq”)

超文本标记语言 R脚本 ROSeq
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionSingleCell软件
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.0)
进口 pbmcapply刨边机limma
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatRUnitBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/krishan57gupta/ROSeq
BugReports https://github.com/krishan57gupta/ROSeq/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ROSeq_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 ROSeq_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) ROSeq_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ROSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ROSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ROSeq/
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