RLSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.RLSeq

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见RLSeq

RLSeq:用于R-loop映射数据的分析包

Bioconductor版本:3.14

RLSeq是一个用于分析和评估R-loop映射数据集的工具包。RLSeq有两个主要目的:(1)促进数据集质量的评估,以及(2)在RLBase中公开可用的数据集的上下文中启用R-loop分析。该包旨在提供一个简单的管道,称为' RLSeq() '函数,它执行所有主要分析。单个函数也可访问,并提供自定义分析功能。最后,使用' report() '生成HTML报告。

作者:亨利·米勒[aut, cre, cph],丹尼尔·蒙特马约尔[ctb], Simon Levy [ctb],安娜·维恩斯[ctb],亚历山大·毕夏普[ths, cph]

维护者:Henry Miller

引文(从R内,输入引用(“RLSeq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RLSeq”)

超文本标记语言 R脚本 用RLSeq分析R-loop数据
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 分类报道表观遗传学测序软件转录组
版本 1.0.0
在Bioconductor BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.1.0)
进口 dplyrggplot2RColorBrewer、网格地区valrcaretEnsembleGenomicFeaturesrtracklayerGenomicRangesGenomeInfoDbComplexHeatmapAnnotationHub维恩图callrcirclizeggplotifyggprism,方法,统计,RLHubaws.s3pheatmap
链接
建议 AnnotationDbiBiocStylecovrlintrrcmdcheckDThttrjsonlitekableExtrakernlabknitr魔法质量org.Hs.eg.dbR.utilsrandomForestreadrrmarkdownrparttestthat(> = 3.0.0),宠物猫tidyrTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGenefutile.logger
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/Bishop-Laboratory/RLSeqhttps://bishop-laboratory.github.io/RLSeq/
BugReports https://github.com/Bishop-Laboratory/RLSeq/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RLSeq_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 RLSeq_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) RLSeq_1.0.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RLSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RLSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RLSeq/
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