RIPAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.RIPAT

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RIPAT。

逆转录病毒集成模式分析工具(RIPAT)

Bioconductor版本:3.14

RIPAT开发作为逆转录病毒整合位点的R包注释和分布分析。RIPAT需要局部比对结果爆炸和咩咩的叫声。特定的输入格式是RIPAT手册中描述。RIPAT提供房车集成模式分析结果形式的R对象,excel文件与多个表和阴谋。

作者:Min-Jeong门敏(aut (cre)

维护人员:Min-Jeong门敏< mjbaek16在korea.ac.kr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RIPAT”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RIPAT”)

HTML	R脚本	RIPAT:逆转录病毒集成模式分析工具
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0)
进口	biomaRt(> = 2.38.0),GenomicRanges(> = 1.34.0),ggplot2(> = 3.1.0)grDevices (> = 3.5.3),IRanges(> = 2.16.0),karyoploteR(> = 1.6.3),openxlsx(> = 4.1.4)plyr(> = 1.8.4),地区(> = 1.12.0),rtracklayer(> = 1.42.2),数据(> = 3.5.3),stringr(> = 1.3.1),跑龙套(> = 3.5.3)
链接
建议	knitr(> = 1.28)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bioinfo16/RIPAT/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RIPAT_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	RIPAT_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	RIPAT_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RIPAT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RIPAT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RIPAT/
包下载报告	下载数据