REDseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.REDseq

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅REDseq。

高通量测序数据的分析处理限制性内切酶消化

Bioconductor版本:3.14

包包含函数建立限制酶切位点(RECS)地图,分发映射序列与五种不同的方法,在地图上找到丰富/耗尽推荐一个样本,识别不同浓缩/耗尽样本之间的推荐。

作者:丽华朱莉·朱Junhui李和托马斯•Fazzio

维护人员:丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“REDseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“REDseq”)

PDF	R脚本	REDseq装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	预处理,SequenceMatching,测序,软件
版本	1.40.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(10.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0),BiocGenerics,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,乘,Biostrings,BSgenome,ChIPpeakAnno
进口	AnnotationDbi、图形、IRanges(> = 1.13.5)统计,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	REDseq_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	REDseq_1.40.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	REDseq_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/REDseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ REDseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/REDseq/
包下载报告	下载数据