美国广播公司

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCAS

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅美国广播公司。

以RNA为中心的注释系统

Bioconductor版本:3.14

rca R / Bioconductor包设计为一个通用报表工具的功能分析transcriptome-wide感兴趣的区域检测到高通量实验。转录组区域,例如,信号峰值检测到CLIP-Seq分析protein-RNA互动网站,RNA(别名epitranscriptome)修改网站,CAGE-tag地点,或任何其他的查询区域在转录组水平。rca产生深入的注释总结和报道资料基于查询区域的分布对记录功能(外显子、内含子5‘/ 3’UTR区域,exon-intron边界,启动子区域)。此外,rca可以进行功能富集分析和歧视主题的发现。

作者:博拉Uyar (aut (cre) Dilmurat Yusuf (aut),里卡多Wurmus (aut) Altuna Akalin (aut)

维护人员:< Bora Bora Uyar。在mdc-berlin.de uyar >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(rca)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (rca)

HTML	R脚本	荟萃分析多个样品怎么办
HTML	R脚本	介绍——单样本分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,去,GeneSetEnrichment,GeneTarget,GenomeAnnotation,MotifAnnotation,MotifDiscovery,软件,转录组
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),情节(> = 4.5.2),DT(> = 0.2),data.table
进口	GenomicRanges,IRanges,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,GenomeInfoDb(> = 1.12.0),Biostrings,rtracklayer,GenomicFeatures,rmarkdown(> = 0.9.5),genomation(> = 1.5.5),knitr(> = 1.12.3),BiocGenerics,S4Vectors,plotrix,pbapply,RSQLite,代理,pheatmap,ggplot2,cowplot,ggseqlogo跑龙套,管理员,gprofiler2
链接
建议	testthat,covr
SystemRequirements	pandoc (> = 1.12.3)
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RCAS_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	RCAS_1.20.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	RCAS_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCAS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rca
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RCAS/
包下载报告	下载数据