PhosR

DOI:10.18129 / B9.bioc.PhosR

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PhosR。

一系列的方法和工具对phosphoproteomics数据的综合分析

Bioconductor版本:3.14

PhosR是一揽子comprenhensive phosphoproteomic数据的分析。PhosR有两个主要组件:下游处理和分析。PhosR由phosphoproteomics数据的各种处理工具包括滤波、归责,正常化和功能分析推断活跃激酶和信号通路。

作者:杨Pengyi (aut) Taiyun金(aut (cre),哈尼族Jieun金(aut)

维修工:Taiyun金< Taiyun。在gmail.com kim91 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PhosR”)

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文档

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HTML	R脚本	介绍PhosR包
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	蛋白质组学,ResearchField,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	ruv,e1071,dendextend,limma,pcaMethods统计数据,RColorBrewer,circlize,dplyr,igraph,pheatmap,preprocessCore,tidyr,rlang、图形grDevices跑龙套,SummarizedExperiment、方法、S4Vectors,BiocGenerics,ggplot2,GGally,ggdendro,ggpubr,网络,reshape2,ggtext
链接
建议	testthat,knitr,rgl,系统网络体系结构(sna),线索,directPA,rmarkdown,org.Rn.eg.db,org.Mm.eg.db,reactome.db,注释,BiocStyle,stringr,校准
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PhosR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	PhosR_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	PhosR_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PhosR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PhosR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PhosR/
包下载报告	下载数据