PhIPData

DOI:10.18129 / B9.bioc.PhIPData

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PhIPData。

容器PhIP-Seq实验

Bioconductor版本:3.14

PhIPData phage-immunoprecipitation测序(PhIP-seq)定义了一个S4类实验。建筑物RangedSummarizedExperiment类,PhIPData使用户能够协调元数据与实验数据分析。此外,PhIPData提供专业方法和识别beads-only样本子集,子集对象使用病毒别名,使用现有的肽库填充对象参数。

作者:陈雅典娜(aut (cre),罗布Scharpf (aut) Ingo Ruczinski (aut)

维护人员:雅典娜陈< achen70 jhu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PhIPData”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PhIPData”)

HTML	R脚本	PhIPData: PhIP-Seq实验的容器
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,DataRepresentation,基础设施,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment(> = 1.3.81)
进口	BiocGenerics、方法、GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,刨边机,cli,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown,covr,dplyr,readr,withr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/athchen/PhIPData/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PhIPData_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	PhIPData_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	PhIPData_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PhIPData
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PhIPData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PhIPData/
包下载报告	下载数据