PPInfer

DOI:10.18129 / B9.bioc.PPInfer

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PPInfer。

利用蛋白质相互作用网络推断功能相关的蛋白质

Bioconductor版本:3.14

蛋白质之间的相互作用发生在许多,如果不是大多数,生物过程。大多数蛋白质执行他们的功能在网络与其他蛋白质和其他生物分子。这一事实的动机发展的各种实验方法识别的蛋白质相互作用。这种多样性的发展反过来又迎来了众多不同的建模和计算方法预测蛋白质相互作用。有时一个实验的目的是确定一些有趣的蛋白密切相关的蛋白质。基于网络的统计学习方法是用来推断蛋白质的假定的功能从已知的周边功能蛋白质PPI网络。这个包识别此类蛋白质通常参与相同或相似的生物功能。

作者:Dongmin荣格,Xijin通用电气

维护人员:Dongmin荣格< dmdmjung gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PPInfer”)

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细节

biocViews	GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,网络,NetworkEnrichment,通路,软件,StatisticalMethod
版本	1.20.4
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	biomaRt,fgsea,kernlab,ggplot2,igraph,STRINGdb,yeastExpData
进口	httr、grDevices图形、属性、跑龙套
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包档案

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源包	PPInfer_1.20.4.tar.gz
Windows二进制	PPInfer_1.20.4.zip
macOS 10.13(高山脉)	PPInfer_1.20.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PPInfer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PPInfer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PPInfer/
包下载报告	下载数据