POWSC

DOI:10.18129 / B9.bioc.POWSC

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见POWSC

单细胞RNA-seq的模拟、功率评估和样本量推荐

Bioconductor版本:3.14

在高通量实验的设计阶段,确定足够的样本容量以检测统计显著性是至关重要的一步。尽管在差异表达(DE)的背景下,有许多方法和工具可用于微阵列和RNA-seq的样本量计算,但单细胞RNA测序领域的这一主题尚未得到充分研究。此外,scRNA-seq中存在的独特数据特征(如稀疏性和异质性)增加了挑战。我们提出了一种基于模拟的POWSC方法,为单细胞RNA测序DE分析提供功率评估和样本量建议。POWSC由一个数据模拟器和一个功率评估器组成,前者可以创建真实的表达式数据,后者提供功率和样本量关系的全面评估和可视化。

作者:苏克农[aut, cre],吴昊[aut]

维护者:Kenong Su < Kenong。Su在emory.edu>

引文(从R内,输入引用(“POWSC”)):

安装

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如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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超文本标记语言 R脚本 POWSC用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionImmunoOncologySingleCell软件
版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 4.1),BiobaseSingleCellExperiment桅杆
进口 pheatmapggplot2RColorBrewergrDevices,SummarizedExperimentlimma
链接
建议 rmarkdownknitrtestthat(> = 3.0.0),BiocStyle
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包档案

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源包 POWSC_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 POWSC_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) POWSC_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/POWSC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/POWSC
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/POWSC/
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