过去的

DOI:10.18129 / B9.bioc.PAST

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见过去的．

路径关联研究工具(PAST)

Bioconductor版本:3.14

PAST获取GWAS输出并将snp分配给基因，使用这些基因寻找与基因相关的通路，并根据显著性绘制通路。实现了读取GWAS输入数据、寻找与snp相关的基因、计算富集分数和通路显著性以及绘制通路的方法。

作者:Thrash Adam [cre, aut]， DeOrnellis Mason [aut]

维护者:Thrash Adam < Thrash at igbb.msstate.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“过去”)

超文本标记语言	R脚本	过去的
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，通路，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL(>=3) +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	属性,跑龙套,dplyr，rlang，迭代器平行,foreach，doParallel，qvalue，rtracklayer，ggplot2，GenomicRanges，S4Vectors
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/IGBB/past
BugReports	https://github.com/IGBB/past/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PAST_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	PAST_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	PAST_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PAST
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PAST
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PAST/
软件包下载报告	下载数据