OncoSimulR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OncoSimulR

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅OncoSimulR。

提出遗传模拟上位的癌症恶化

Bioconductor版本:3.14

功能提出人口遗传模拟无性人群,特别关注癌症恶化。健身可以任意函数的遗传基因的多个基因或模块之间的交互,包括上位,顺序限制突变积累,和秩序的影响。健身也可以是一个函数的相对和绝对的其他基因型频率(即。频率相关的健康)。基因之间的变异率可以不同,我们可以包括突变/ antimutator基因突变表型(模型)。模拟场景大型化和治疗干预措施也是可能的。模拟使用连续时间模型,可以包括司机和乘客基因和模块。还包括功能:模拟随机装饰边的类型中发现Oncogenetic树、贝叶斯网络连接,和其他癌症恶化的模型;策划和抽样从单个或多个实现的模拟,包括单细胞抽样;策划克隆的父子关系;生成随机健身景观(粗糙的富士山,卡片,添加剂、NK、伊辛,和Eggbox模型)和策划。

作者:雷蒙Diaz-Uriarte (aut (cre),塞吉奥Sanchez-Carrillo (aut),胡安·安东尼奥·米格尔·冈萨雷斯(aut),马克·泰勒(施),乔Partow[所有],苏菲Brouillet[所有],塞巴斯蒂安Matuszewski[所有],哈利Annoni[所有],卢卡Ferretti[所有],纪尧姆Achaz[所有],Guillermo Gorines Cordero[所有],伊万·洛尔卡阿隆索(施),旧金山μ\ ~喷嘴洛佩兹(施),大卫Roncero莫罗\ ~没有[所有],阿尔瓦罗·克维多(施),巴勃罗·佩雷斯(施),克里斯蒂娜Devesa(施),亚历杭德罗Herrador[所有],Holger Froehlich[所有],Florian Markowetz[所有],Achim Tresch[所有],特蕾莎Niederberger[所有],基督教本德(施),马提亚Maneck[所有],克劳迪奥Lottaz[所有],蒂姆Beissbarth[所有],莎拉Dorado居多(施),米格尔·埃尔南德斯del Valle[所有],阿尔瓦罗·韦尔塔加西亚(施),迭戈马\ ~南Cayero(施),亚历杭德罗·马丁μ\ ~喷嘴(施),玛尔塔Couce·伊格莱西亚斯(施),西尔维亚加西亚Cobos[所有],卡洛斯Madariaga Aramendi[所有],安娜·罗德里格斯Ronchel[所有],卢西亚桑切斯加西亚(施),尤兰达贝尼特斯Quesada[所有],榭-费尔南德斯帕托(施),埃斯佩兰萨洛佩兹洛佩兹(施),阿尔贝托•曼努埃尔•佩雷斯Parra[所有],豪尔赫·加西亚Calleja[所有],安娜·德尔·雷默Galian(施),亚历杭德罗德洛斯雷耶斯贝尼特斯(施),Guillermo加西亚好不[所有],猩红热帕洛米诺马卡布瑞拉(施),拉斐尔Barrero罗德里格斯(施),西尔维亚拉维尔马科斯(施),Niklas Endres(施)

维护人员:雷蒙Diaz-Uriarte < rdiaz02 gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“OncoSimulR”)

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文档

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HTML	R脚本	OncoSimulR:向前在无性人群遗传模拟任意上位相互作用和关注建模肿瘤恶化。
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文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion,软件,SomaticMutation
版本	3.2.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(7.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	Rcpp(> = 0.12.4),平行,data.table,图,Rgraphviz,gtools,igraph、方法、RColorBrewergrDevices,车,dplyr,smatr,ggplot2,ggrepel,stringr
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,Oncotree,testthat(> = 1.0.0),rmarkdown,bookdown,老鸨
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rdiaz02/OncoSimulhttps://popmodels.cancercontrol.cancer.gov/gsr/packages/oncosimulr/
BugReports	https://github.com/rdiaz02/OncoSimul/issues
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包档案

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源包	OncoSimulR_3.2.0.tar.gz
Windows二进制	OncoSimulR_3.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	OncoSimulR_3.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OncoSimulR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ OncoSimulR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OncoSimulR/
包下载报告	下载数据