OmnipathR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OmnipathR

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅OmnipathR。

OmniPath web服务客户机等等

Bioconductor版本:3.14

OmniPath web服务的客户端(https://www.omnipathdb.org)和许多其他资源。它还包括功能转换和打印一些下载的数据,函数来访问许多其他资源,如BioPlex ConsensusPathDB, EVEX,基因本体,药理学(IUPHAR / BPS)指南,Harmonizome, HTRIdb,人类表型本体,InWeb InBioMap, KEGG通路,通路,Ramilowski et al . 2015年,RegNetwork,重新映射,TF普查,TRRUST Vinayagam et al . 2011。此外,OmnipathR特性与NicheNet紧密结合配体活动从转录组数据预测的方法,及其R实现“nichenetr”(只有在github)。

作者:阿尔贝托Valdeolivas (aut)aut,窝Turei (cre),阿提拉伽柏(aut)

维护人员:窝Turei < turei.denes gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“OmnipathR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“OmnipathR”)

HTML	R脚本	建立网络使用OmnipathR药物靶点
HTML	R脚本	OmniPath Bioconductor车间
HTML	R脚本	OmnipathR: R OmniPath web服务客户端
HTML	R脚本	道路建设
HTML	R脚本	用NicheNet OmnipathR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,DataImport,DataRepresentation,GeneRegulation,GeneSignaling,GraphAndNetwork,KEGG,网络,通路,SingleCell,软件,SystemsBiology,ThirdPartyClient,转录组
版本	3.2.8
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	使彻底失败,蜡笔,旋度,消化,dplyr,httr,igraph,jsonlite,晚些时候,日志记录器,magrittr,进步,purrr,rappdirs,readr(> = 2.0.0),readxl,rlang统计数据,stringr,宠物猫,tidyr,tidyselect、工具、跑龙套xml2,yaml
链接
建议	BiocStyle,dnet,ggplot2,ggraph,gprofiler2,knitr,mlrMBO,parallelMap,ParamHelpers,Rgraphviz,rmarkdown,smoof,supraHex,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/OmnipathR/
BugReports	https://github.com/saezlab/OmnipathR/issues
取决于我
进口我	wppi
建议我	解耦
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	OmnipathR_3.2.8.tar.gz
Windows二进制	OmnipathR_3.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	OmnipathR_3.2.8.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OmnipathR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ OmnipathR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OmnipathR/
包下载报告	下载数据