先驱者

DOI:10.18129 / B9.bioc.OUTRIDER

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅先驱者

先驱者——RNA-Seq仪离群值

Bioconductor版本:3.14

异常基因表达在RNA-seq数据的识别。读计数预期autoencoder建模的控制混杂因素的数据。鉴于这些期望,RNA-seq读计数假定遵循gene-specific色散的负二项分布。离群值被确定为读计数显著偏离这一分布。此外,先驱者提供有用的绘图函数来分析和可视化的结果。

作者:Felix Brechtmann (aut),基督教莫特(aut (cre) Agne Matuseviciute (aut),米凯拉费穆勒(施),韦森特Yepez (aut),朱利安Gagneur (aut)

维护人员:基督教莫特<莫特在in.tum.de >

从内部引用(R,回车引用(“先驱者”)):

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“先驱者”)

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文档

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browseVignettes(“先驱者”)

PDF R脚本 先驱者:局外人RNA-seq仪
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 对齐,GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录组
版本 1.12.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(3.5年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.6),BiocParallel,GenomicFeatures,SummarizedExperiment,data.table、方法
进口 BBmisc,BiocGenerics,DESeq2(> = 1.16.1),泛型,GenomicRanges,ggplot2grDevices,的热图,pheatmap、图形、IRanges,matrixStats,情节,plyr,pcaMethods,PRROC,RColorBrewer,Rcpp,reshape2,S4Vectors,尺度样条函数统计,跑龙套
链接 Rcpp,RcppArmadillo
建议 testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db,RMariaDB,AnnotationDbi,beeswarm,covr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER
取决于我
进口我 弗雷泽
建议我
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包档案

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源包 OUTRIDER_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 OUTRIDER_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉) OUTRIDER_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OUTRIDER
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/先驱者
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/OUTRIDER/
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