NoRCE

DOI:10.18129 / B9.bioc.NoRCE

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NoRCE。

NoRCE:非编码RNA集Cis注释和浓缩

Bioconductor版本:3.14

这些非蛋白虽然一些非编码rna基因分配关键监管角色,大多数仍在功能上无特征。这提出了一个挑战,每当一组有趣的ncRNAs需要分析功能。记录位于附近的基因组是经常在一起的监管。这个序列的基因组位置可以提示功能。NoRCE我们提出一个工具,执行给定组ncRNAs cis富集分析。浓缩是使用的编码基因的功能注释位于近端输入ncRNAs。等生物相关信息拓扑关联域(少量)边界,co-expression模式和microrna的目标预测信息可以合并进行丰富的富集分析。为此,NoRCE包括几个相关的数据集作为数据存储库的一部分,包括特定细胞系泰德边界,功能基因集,和表达数据编码与ncRNAs特定的癌症。此外,用户可以使用自定义数据文件在他们的调查。浓缩的结果可以以表格格式或可视化检索以几种不同的方式。 NoRCE is currently available for the following species: human, mouse, rat, zebrafish, fruit fly, worm, and yeast.

作者:基尔德Olgun (aut (cre)

维护人员:基尔德Olgun <基尔德在cs.bilkent.edu.tr >

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HTML	R脚本	非编码RNA Cis注释和浓缩
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文本		许可证

细节

biocViews	BiologicalQuestion,DifferentialExpression,去,GeneSetEnrichment,GeneTarget,GenomeAnnotation,GenomeAssembly,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	KEGGREST,png,dplyr、图形、RSQLite,DBI,tidyrgrDevices,S4Vectors,SummarizedExperiment,reactome.db,rWikiPathways,RCurl,dbplyr跑龙套,ggplot2,igraph统计数据,reshape2,readr,GO.db,zlibbioc,biomaRt,rtracklayer,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,AnnotationDbi
链接
建议	knitr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene,testthat,TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene,rmarkdown,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Hs.eg.db,org.Dr.eg.db,BiocGenerics,org.Sc.sgd.db,org.Ce.eg.db,org.Dm.eg.db、方法、减价
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/guldenolgun/NoRCE/issues
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包档案

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源包	NoRCE_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	NoRCE_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	NoRCE_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NoRCE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NoRCE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NoRCE/
包下载报告	下载数据