这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NetSAM。
Bioconductor版本:3.14
NetSAM(网络系列化和模块化)包需要的edge-list表示加权或未加权的网络作为输入,执行网络系列化和模块化分析,并生成文件作为输入,可以用于一维网络可视化工具NetGestalt (http://www.netgestalt.org)或其他网络分析。NetSAM包也能生成相关网络(例如co-expression网络)根据输入矩阵数据,执行系列化和模块化分析相关的网络和计算示例功能和模块之间的关联或确定相关条款模块。
作者:王静<静。王在bcm.edu >
维护人员:施Zhiao < Zhiao。史:gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“NetSAM”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NetSAM”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“NetSAM”)
R脚本 | NetSAM用户指南 | |
参考手册 |
biocViews | 软件 |
版本 | 1.34.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.13 (r - 3.0)(8.5年) |
许可证 | LGPL |
取决于 | R (> = 3.0.0),系列化(> = 1.0 6),igraph(> = 0.6 1)、工具(> = 3.0.0),WGCNA(> = 1.34.0),biomaRt(> = 2.18.0) |
进口 | 方法,AnnotationDbi(> = 1.28.0),doParallel(> = 1.0.10),foreach(> = 1.4.0),生存(2.37 > = 7),GO.db(> = 2.10.0),R2HTML(> = 2.2.0),DBI(> = 0.5 - 1) |
链接 | |
建议 | RUnit,BiocGenerics,org.Sc.sgd.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Dr.eg.db,org.Ce.eg.db,org.Cf.eg.db,org.Dm.eg.db,org.At.tair.db,rmarkdown,knitr,减价 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | NetSAM_1.34.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13(高山脉) | NetSAM_1.34.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NetSAM |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NetSAM |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/NetSAM/ |
包下载报告 | 下载数据 |