这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NanoStringQCPro。
Bioconductor版本:3.14
NanoStringQCPro提供了一组质量指标,可用于评估NanoString信使rna基因表达数据的质量,即识别异常值探测和离群值的样本。它还提供了不同的背景减法和归一化方法对于这个数据。它输出建议萎靡不振的样品质量控制/探测器和一个容易可共享的html输出。
作者:多罗斯镍<镍。多罗斯在gene.com >,托马斯Sandmann < Sandmann。托马斯在gene.com >,罗伯特•齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com >,Richard Bourgon
维修工:罗伯特•齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com >
从内部引用(R,回车引用(“NanoStringQCPro”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NanoStringQCPro”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“NanoStringQCPro”)
vignetteNanoStringQCPro.pdf | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 微阵列,归一化,预处理,质量控制,ReportWriting,软件,mRNAMicroarray |
版本 | 1.26.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(7年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(> = 3.2),方法 |
进口 | AnnotationDbi(> = 1.26.0),org.Hs.eg.db(> = 2.14.0),Biobase(> = 2.24.0),knitr(> = 1.12),NMF(> = 0.20.5),RColorBrewer(> = 1.0 5),png(> = 0.1 7) |
链接 | |
建议 | roxygen2(> = 4.0.1),testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | NanoStringQCPro_1.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | NanoStringQCPro_1.26.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | NanoStringQCPro_1.26.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoStringQCPro |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NanoStringQCPro |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/NanoStringQCPro/ |
包下载报告 | 下载数据 |