NanoStringQCPro

DOI:10.18129 / B9.bioc.NanoStringQCPro

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NanoStringQCPro

质量指标和数据处理方法NanoString信使rna基因表达数据

Bioconductor版本:3.14

NanoStringQCPro提供了一组质量指标,可用于评估NanoString信使rna基因表达数据的质量,即识别异常值探测和离群值的样本。它还提供了不同的背景减法和归一化方法对于这个数据。它输出建议萎靡不振的样品质量控制/探测器和一个容易可共享的html输出。

作者:多罗斯镍<镍。多罗斯在gene.com >,托马斯Sandmann < Sandmann。托马斯在gene.com >,罗伯特•齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com >,Richard Bourgon

维修工:罗伯特•齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com >

从内部引用(R,回车引用(“NanoStringQCPro”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NanoStringQCPro”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF vignetteNanoStringQCPro.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 微阵列,归一化,预处理,质量控制,ReportWriting,软件,mRNAMicroarray
版本 1.26.0
Bioconductor自 BioC 3.1 (r - 3.2)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(> = 3.2),方法
进口 AnnotationDbi(> = 1.26.0),org.Hs.eg.db(> = 2.14.0),Biobase(> = 2.24.0),knitr(> = 1.12),NMF(> = 0.20.5),RColorBrewer(> = 1.0 5),png(> = 0.1 7)
链接
建议 roxygen2(> = 4.0.1),testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 NanoStringQCPro_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 NanoStringQCPro_1.26.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) NanoStringQCPro_1.26.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoStringQCPro
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NanoStringQCPro
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/NanoStringQCPro/
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