这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NADfinder。
Bioconductor版本:3.14
核仁是一个重要的结构在真核细胞的细胞核中。是这个网站的抄录rDNA为装配核糖体,核糖体rna和aka核糖体生物转化。此外,核仁是动态中心通过航天飞机大量蛋白质和接触特定non-rDNA基因位点。深度测序分析的DNA与孤立的核仁(NAD - seq)表明,特定的位点,称为核仁-相关领域(流浪者)形式频繁的三个维度对核仁。NAD-seq已被用于研究NAD的生物功能和NAD的动态分布在胚胎干细胞(ESC)分化。这里,我们开发了一个Bioconductor包NADfinder NAD-seq数据的生物信息学分析,包括基线校正、平滑、归一化,峰值的召唤,和注释。
作者:Jianhong Ou,刘叫海波,小君,Herve页,保罗•考夫曼丽华朱莉朱
维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >、丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >
从内部引用(R,回车引用(“NADfinder”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NADfinder”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“NADfinder”)
HTML | R脚本 | NADfinder.html |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DNASeq,GeneRegulation,PeakDetection,测序,软件 |
版本 | 1.18.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.5 (r - 3.4)(5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (> = 3.4),BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,S4Vectors,SummarizedExperiment |
进口 | 图形、方法基线,信号,GenomicAlignments,GenomeInfoDb,rtracklayer,limma,trackViewer,统计,跑龙套,Rsamtools,metap,EmpiricalBrownsMethod,ATACseqQC,corrplot,csaw |
链接 | |
建议 | RUnit,BiocStyle,knitr,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,testthat,BiocManager,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | NADfinder_1.18.0.tar.gz |
Windows二进制 | NADfinder_1.18.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | NADfinder_1.18.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NADfinder |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NADfinder |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/NADfinder/ |
包下载报告 | 下载数据 |