MungeSumstats

DOI:10.18129 / B9.bioc.MungeSumstats

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MungeSumstats。

从GWAS标准化汇总统计

Bioconductor版本:3.14

* MungeSumstats *包旨在促进GWAS的标准化汇总统计。包括国民党重新格式化输入摘要统计法,空空的,英国石油公司和可以查找这些值是否缺少。它还消除了重复的单核苷酸多态性。

作者:艾伦·墨菲(aut (cre)布莱恩席尔德(aut,施莱),内森斯基恩(aut)

维修工:艾伦·墨菲在hotmail.com < alanmurph94 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MungeSumstats”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“MungeSumstats”)

HTML	R脚本	OpenGWAS
HTML	R脚本	标准化的格式汇总与MungeSumstats GWAS的统计数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ComparativeGenomics,遗传学,GenomeWideAssociation,GenomicVariation,预处理,单核苷酸多态性,软件,WholeGenome
版本	1.2.4
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	magrittr,data.table跑龙套,R.utils,dplyr统计数据,GenomicRanges,GenomeInfoDb,BSgenome,Biostrings,VariantAnnotation,stringr,googleAuthR,httr,jsonlite、方法、并行rtracklayer,RCurl
链接
建议	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,BiocGenerics,IRanges,S4Vectors,rmarkdown,减价,knitr,testthat(> = 3.0.0),UpSetR,BiocStyle,covr,seqminer,Rsamtools,MatrixGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/neurogenomics/MungeSumstats
BugReports	https://github.com/neurogenomics/MungeSumstats/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MungeSumstats_1.2.4.tar.gz
Windows二进制	MungeSumstats_1.2.4.zip
macOS 10.13(高山脉)	MungeSumstats_1.2.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MungeSumstats
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MungeSumstats
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MungeSumstats/
包下载报告	下载数据