MultiAssayExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.MultiAssayExperiment

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MultiAssayExperiment

软件的集成在Bioconductor multi-omics实验

Bioconductor版本:3.14

MultiAssayExperiment协调管理多个实验化验的数据上执行一组重叠的标本。它提供了一个熟悉的Bioconductor用户体验从SummarizedExperiment通过扩展概念,支持开放式的标准数据类个人化验,并允许通过基因组范围或rownames构造子集。设施提供重塑数据适应性的长与宽格式图形和下游分析。

作者:马塞尔•拉莫斯(aut (cre),李维沃尔德伦(aut) MultiAssay SIG(施)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

从内部引用(R,回车引用(“MultiAssayExperiment”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MultiAssayExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MultiAssayExperiment”)

HTML R脚本 协调Multi-Assay实验分析
HTML R脚本 HDF5Array和MultiAssayExperiment
PDF MultiAssayExperiment_cheatsheet.pdf
HTML R脚本 快速启动指南
PDF 参考手册
文本 新闻
视频 MultiAssayExperiment演示
视频 马塞尔·拉莫斯,车间200:MultiAssayExperiment curatedTCGAData Bioconductor 2020车间

细节

biocViews DataRepresentation,基础设施,软件
版本 1.20.0
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 4.0.0),SummarizedExperiment(> = 1.3.81)
进口 方法,GenomicRanges(> = 1.25.93),BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges,Biobase统计数据,tidyr,跑龙套
链接
建议 BiocStyle,HDF5Array(> = 1.19.17),knitr,maftools(> = 2.7.10),rmarkdown,R.rsp,RaggedExperiment,UpSetR,生存,survminer,testthat
SystemRequirements
增强了
URL http://waldronlab.io/MultiAssayExperiment/
BugReports https://github.com/waldronlab/MultiAssayExperiment/issues
取决于我 篮球选手,cBioPortalData,ClassifyR,curatedTCGAData,evaluomeR,glmSparseNet,hipathia,InTAD,米娅,microbiomeDataSets,midasHLA,missRows,OMICsPCAdata,QFeatures,SingleCellMultiModal,TimiRGeN
进口我 AffiXcan,意大利苦杏酒,微生物,自治,ClassifyR,CoreGx,科拉尔,curatedTBData,埃尔默,FindIT2,还装有,HMP2Data,LinkHD,metabolomicsWorkbenchR,现代艺术博物馆,MultiBaC,netDx,OMICsPCA,omicsPrint,莲花,PDATK,PharmacoGx,scp,TCGAutils
建议我 BiocOncoTK,brgedata,CNVRanger,德科,maftools,MOFA2,MOFAdata,MultiDataSet,RaggedExperiment
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 MultiAssayExperiment_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 MultiAssayExperiment_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉) MultiAssayExperiment_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MultiAssayExperiment
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MultiAssayExperiment
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MultiAssayExperiment/
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