这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MultiAssayExperiment。
Bioconductor版本:3.14
MultiAssayExperiment协调管理多个实验化验的数据上执行一组重叠的标本。它提供了一个熟悉的Bioconductor用户体验从SummarizedExperiment通过扩展概念,支持开放式的标准数据类个人化验,并允许通过基因组范围或rownames构造子集。设施提供重塑数据适应性的长与宽格式图形和下游分析。
作者:马塞尔•拉莫斯(aut (cre),李维沃尔德伦(aut) MultiAssay SIG(施)
维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >
从内部引用(R,回车引用(“MultiAssayExperiment”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MultiAssayExperiment”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“MultiAssayExperiment”)
HTML | R脚本 | 协调Multi-Assay实验分析 |
HTML | R脚本 | HDF5Array和MultiAssayExperiment |
MultiAssayExperiment_cheatsheet.pdf | ||
HTML | R脚本 | 快速启动指南 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
视频 | MultiAssayExperiment演示 | |
视频 | 马塞尔·拉莫斯,车间200:MultiAssayExperiment curatedTCGAData Bioconductor 2020车间 |
biocViews | DataRepresentation,基础设施,软件 |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 4.0.0),SummarizedExperiment(> = 1.3.81) |
进口 | 方法,GenomicRanges(> = 1.25.93),BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges,Biobase统计数据,tidyr,跑龙套 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,HDF5Array(> = 1.19.17),knitr,maftools(> = 2.7.10),rmarkdown,R.rsp,RaggedExperiment,UpSetR,生存,survminer,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://waldronlab.io/MultiAssayExperiment/ |
BugReports | https://github.com/waldronlab/MultiAssayExperiment/issues |
取决于我 | 篮球选手,cBioPortalData,ClassifyR,curatedTCGAData,evaluomeR,glmSparseNet,hipathia,InTAD,米娅,microbiomeDataSets,midasHLA,missRows,OMICsPCAdata,QFeatures,SingleCellMultiModal,TimiRGeN |
进口我 | AffiXcan,意大利苦杏酒,微生物,自治,ClassifyR,CoreGx,科拉尔,curatedTBData,埃尔默,FindIT2,还装有,HMP2Data,LinkHD,metabolomicsWorkbenchR,现代艺术博物馆,MultiBaC,netDx,OMICsPCA,omicsPrint,莲花,PDATK,PharmacoGx,scp,TCGAutils |
建议我 | BiocOncoTK,brgedata,CNVRanger,德科,maftools,MOFA2,MOFAdata,MultiDataSet,RaggedExperiment |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | MultiAssayExperiment_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | MultiAssayExperiment_1.20.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | MultiAssayExperiment_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MultiAssayExperiment |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MultiAssayExperiment |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MultiAssayExperiment/ |
包下载报告 | 下载数据 |