这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Modstrings。
Bioconductor版本:3.14
代表核苷酸修改在核苷酸序列通常是通过特殊字符的来源。这是一个挑战与R和Biostrings包。Modstrings包实现这个functionallity RNA和DNA序列包含修改核苷酸通过转换字符内部为了工作的基础设施Biostrings包。这ModRNAString和ModDNAString类衍生物和函数构造和修改这些对象尽管implemenented编码问题。除了从序列转换列表像位置信息实现(和反向操作)。
作者:Felix通用恩斯特(aut (cre),丹尼斯·l·j·拉方丹则施,曾经
维修工:Felix通用恩斯特< felix.gm。恩斯特在outlook.com >
从内部引用(R,回车引用(“Modstrings”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Modstrings”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“Modstrings”)
HTML | R脚本 | Modstrings |
HTML | R脚本 | Modstrings-DNA-alphabet |
HTML | R脚本 | Modstrings-RNA-alphabet |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,DataRepresentation,基础设施,测序,软件 |
版本 | 1.10.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(3年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.6),Biostrings(> = 2.51.5) |
进口 | 方法,BiocGenerics,GenomicRanges,S4Vectors,IRanges,XVector,stringi,stringr,蜡笔,grDevices |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,usethis |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/FelixErnst/Modstrings/issues |
取决于我 | EpiTxDb,RNAmodR,tRNAdbImport |
进口我 | tRNA |
建议我 | EpiTxDb.Hs.hg38,EpiTxDb.Sc.sacCer3 |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | Modstrings_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | Modstrings_1.10.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | Modstrings_1.10.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Modstrings |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Modstrings |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Modstrings/ |
包下载报告 | 下载数据 |