MetaboSignal

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetaboSignal

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MetaboSignal

MetaboSignal:基于网络的方法来覆盖和KEGG探索代谢和信号通路

Bioconductor版本:3.14

MetaboSignal是一个R包,允许合并、分析和定制KEGG代谢和信号通路。它是一种基于网络的方法来探测基因之间的拓扑关系(信号——或者enzymatic-genes)和代谢物,代表了一个强大的工具来调查代谢表型的遗传景观和监管网络。

作者:安德里亚Rodriguez-Martinez拉斐尔•阿亚拉约兰m . Posma安娜l .七巧板Maryam安瓦尔,杰里米·k·尼科尔森Marc-Emmanuel杜马斯

维护人员:安德里亚Rodriguez-Martinez <安德里亚。rodriguez-martinez13 imperial.ac。英国>,拉斐尔Ayala <拉斐尔。阿亚拉在oist.jp >

从内部引用(R,回车引用(“MetaboSignal”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MetaboSignal”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MetaboSignal”)

HTML R脚本 MetaboSignal
HTML R脚本 MetaboSignal 2:合并KEGG和额外的资源交互
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneSignaling,GeneTarget,GraphAndNetwork,KEGG,网络,通路,Reactome,软件
版本 1.24.0
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.3)
进口 KEGGgraph,hpar,igraph,RCurl,KEGGREST,EnsDb.Hsapiens.v75、统计数据、图形,跑龙套,org.Hs.eg.db,biomaRt,AnnotationDbi,MWASTools,mygene
链接
建议 RUnit,BiocGenerics,knitr,BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 MetaboSignal_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 MetaboSignal_1.24.0.zip
macOS 10.13(高山脉) MetaboSignal_1.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetaboSignal
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MetaboSignal
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MetaboSignal/
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