MOFA2

DOI:10.18129 / B9.bioc.MOFA2

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见MOFA2

多组学因子分析v2

Bioconductor版本:3.14

MOFA2包包含一系列用于训练和分析多组因子分析(MOFA)的工具。MOFA是一个概率因子模型,旨在从包含多个组学层和/或样本组的数据集中确定变化的主轴。可以使用作为MOFA2一部分的MEFISTO框架来合并样本的其他时间或空间信息。下游分析功能,检查分子特征背后的每个因素,可视化,imputation等可用。

作者:Ricard Argelaguet [aut]——达米安·阿诺[au], Danila Bredikhin [au],布雷塔·维尔滕[aut, cre]

维护者:Britta Velten < Britta。Velten在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“MOFA2”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MOFA2”)

超文本标记语言 R脚本 下游分析:概述
超文本标记语言 R脚本 模拟数据上的MEFISTO(时态)
超文本标记语言 R脚本 MOFA2:如何用R训练模型
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 贝叶斯DimensionReduction软件可视化
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证 GPL(>= 2) +文件许可证
取决于 R (>= 4.0)
进口 rhdf5dplyrtidyrreshape2pheatmapggplot2、方法、RColorBrewercowplotggrepel网状HDF5Array, grDevices, stats,magrittrforcats跑龙套,corrplotDelayedArrayRtsneuwot蛇怪stringi
链接
建议 knitrtestthat修拉ggpubrforeach心理MultiAssayExperimentSummarizedExperimentSingleCellExperimentggrastrmvtnormGGallyrmarkdowndata.tabletidyverseBiocStyle矩阵
SystemRequirements Python (>=3), numpy, pandas, h5py, scipy, argparse, sklearn, mofapy2
增强了
URL https://biofam.github.io/MOFA2/index.html
BugReports https://github.com/bioFAM/MOFA2
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MOFA2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 MOFA2_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) MOFA2_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MOFA2
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MOFA2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MOFA2/
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