MMAPPR2

DOI:10.18129 / B9.bioc.MMAPPR2

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MMAPPR2。

分析管道汇集RNA-Seq变异映射

Bioconductor版本:3.14

MMAPPR2地图突变造成池从F2 RNA-seq数据交叉的遗传屏幕。它的前身是在基因组研究发表的一篇论文中描述(希尔et al . 2013年)。MMAPPR2接受对齐BAM文件和参考基因组作为输入,识别位点的序列差异之间的控制和突变体RNA序列,预测变量预测使用运用变异的影响效果,并输出候选人的排名列表突变。

作者:凯尔·约翰森(aut),纳撒尼尔·詹金斯(aut),乔纳森·希尔(cre)

乔纳森·希尔在byu.edu < jhill维护者:>

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MMAPPR2”)

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文档

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HTML	R脚本	介绍MMAPPR2
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细节

biocViews	DNASeq,PooledScreens,RNASeq,软件,VariantDetection
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	ensemblVEP(> = 1.20.0),gmapR,Rsamtools,VariantAnnotation,BiocParallel,Biobase,BiocGenerics,dplyr,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,tidyr,VariantTools,magrittr、方法、grDevices图形、统计、跑龙套,stringr,data.table
链接
建议	testthat,嘲笑,roxygen2,knitr,rmarkdown,BiocStyle,MMAPPR2data
SystemRequirements	运用,Samtools
增强了
URL	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3613585/https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2
BugReports	https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MMAPPR2_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	MMAPPR2_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MMAPPR2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MMAPPR2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MMAPPR2/
包下载报告	下载数据