MEDIPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.MEDIPS

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MEDIPS

DNA IP-seq数据分析

Bioconductor版本:3.14

MEDIPS开发分析数据来源于甲基化DNA免疫沉淀反应(MeDIP)实验测序(MeDIP-seq)紧随其后。然而,MEDIPS提供功能任何定量测序数据的分析(例如ChIP-seq、MBD-seq CMS-seq和其他人)包括覆盖组间差计算样品和饱和度和相关分析。

作者:卢卡斯查韦斯马提亚Lienhard,艾萨克·洛佩兹Moyado Joern黛德丽

维护人员:卢卡斯查韦斯< lukaschavez ucsd.edu >

从内部引用(R,回车引用(“MEDIPS”)):

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MEDIPS”)

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文档

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PDF R脚本 MEDIPS
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq,CopyNumberVariation,报道,CpGIsland,DNAMethylation,DifferentialExpression,遗传学,GenomeAnnotation,微阵列,预处理,质量控制,SequenceMatching,测序,软件,可视化
版本 1.46.0
Bioconductor自 BioC 2.7 (r - 2.12)(11.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.0),BSgenome,Rsamtools
进口 GenomicRanges,Biostrings、图形、gtools,IRanges、方法、统计跑龙套,刨边机,DNAcopy,biomaRt,rtracklayer,preprocessCore
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,MEDIPSData,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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包档案

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源包 MEDIPS_1.46.0.tar.gz
Windows二进制 MEDIPS_1.46.0.zip
macOS 10.13(高山脉) MEDIPS_1.46.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MEDIPS
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MEDIPS
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MEDIPS/
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