这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅桅杆。
Bioconductor版本:3.14
方法和模型处理zero-inflated单细胞分析的数据。
作者:安德鲁McDavid (aut (cre),格雷格Finak (aut) Masanao Yajima (aut)
维护人员:安德鲁McDavid < Andrew_McDavid urmc.rochester.edu >
从内部引用(R,回车引用(“桅杆”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“桅杆”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“桅杆”)
HTML | R脚本 | 介绍桅杆 |
HTML | R脚本 | Interoptability桅杆和SingleCellExperiment-derived包之间 |
HTML | R脚本 | 使用桅杆进行过滤、微分表达式MAIT细胞和基因集富集 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,RNASeq,SingleCell,软件,转录组 |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | SingleCellExperiment(> = 1.2.0)、R (> = 3.5) |
进口 | Biobase,BiocGenerics,S4Vectors,data.table,ggplot2,plyr,stringr,abind、方法、并行reshape2、统计、stats4图形,跑龙套,SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正,进步 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,testthat,lme4(> = 1.0),blme,roxygen2(> 0),numDeriv,车,gdata,晶格,GGally,GSEABase,NMF,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,rsvd,limma,RColorBrewer,BiocStyle,嘘,DelayedArray,矩阵,HDF5Array,zinbwave,dplyr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/RGLab/MAST/ |
BugReports | https://github.com/RGLab/MAST/issues |
取决于我 | POWSC |
进口我 | benchdamic,celaref,singleCellTK |
建议我 | clusterExperiment |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | MAST_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | MAST_1.20.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | MAST_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAST |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/桅杆 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MAST/ |
包下载报告 | 下载数据 |