MAGeCKFlute

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAGeCKFlute

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MAGeCKFlute。

综合分析管道汇集CRISPR功能基因屏幕

Bioconductor版本:3.14

CRISPR(定期聚集空间短回文重复序列)加上核酸酶Cas9 (CRISPR / Cas9)屏幕代表一种有希望的技术来系统地评估基因功能。数据分析CRISPR / Cas9屏幕是一个关键的过程,包括识别屏幕点击和探索这些冲击在下游的生物功能分析。我们之前已经开发出了两种算法,MAGeCK MAGeCK-VISPR,分析CRISPR / Cas9屏幕数据在不同的场景。这两个算法允许用户执行质量控制,阅读数代和规范化,并计算测试分数评估基因选择性能。在下游分析中,所需的生物功能分析是理解生物功能的确定基因与不同的筛选的目的。这里,我们开发了MAGeCKFlute支持下游分析。MAGeCKFlute提供了一些策略来消除潜在的偏见在sgRNA-level读计数和能够测试分数。下游分析包包含识别必不可少的,不必要的,和target-associated基因,和执行生物功能类别分析、通路富集分析这些基因和蛋白复合物富集分析。这个包也以多种方式可视化基因受益用户探索筛选数据。总的来说,MAGeCKFlute就可以准确的识别必要的,不必要的,和有针对性的基因,以及相关的生物功能。 This vignette explains the use of the package and demonstrates typical workflows.

作者:宾宾王吕张Feizhen吴魏Li & x雪莉

维护人员:吕张< Watson5bZhang gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MAGeCKFlute”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MAGeCKFlute”)

HTML	R脚本	MAGeCKFlute.Rmd
HTML	R脚本	MAGeCKFlute_enrichment.Rmd
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,GeneTarget,KEGG,归一化,通路,PooledScreens,质量控制,软件,可视化
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5)
进口	Biobase,clusterProfiler(> = 3.16.1),enrichplot,gridExtra,ggplot2,ggrepel、grDevices、网格reshape2统计,跑龙套
链接
建议	biomaRt,BiocStyle,剂量,dendextend、图形、knitr,msigdbr,pheatmap,png,pathview,尺度,股东价值分析,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	SpidermiR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MAGeCKFlute_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	MAGeCKFlute_1.14.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	MAGeCKFlute_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAGeCKFlute
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MAGeCKFlute
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MAGeCKFlute/
包下载报告	下载数据