Linnorm

DOI:10.18129 / B9.bioc.Linnorm

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Linnorm。

线性模型和基于正常的规范化和转换方法(Linnorm)

Bioconductor版本:3.14

Linnorm正常化是一种算法,改变RNA-seq,单细胞RNA-seq, ChIP-seq计数数据或任何大规模的计算数据。它已经被田等人独立审查自然方法(https://doi.org/10.1038/s41592 - 019 - 0425 - 8)。Linnorm可以使用原始计数,CPM, RPKM FPKM和TPM。

作者:避开挂Yip < shunyip bu.edu >, Panwen王< pwwang pwwang.com >, jean - pierre Kocher < Kocher。JeanPierre mayo.edu >, Pak涌虚假的< pcsham在港大。香港>,Junwen王< Junwen uw.edu >

维修工:肯顺挂Yip < shunyip bu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Linnorm”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	Linnorm用户手册
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BatchEffect,ChIPSeq,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,网络,归一化,PeakDetection,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录
版本	2.18.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	Rcpp(> = 0.12.2),RcppArmadillo(> = 0.8.100.1.0),fpc,素食主义者,mclust,apcluster,ggplot2,椭圆,limma跑龙套,statmod,质量,igraphgrDevices图形,fastcluster,ggdendro,动物园统计数据,北极监测和评估方案,Rtsne,gmodels
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,减价,gplots,RColorBrewer,时刻,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1093/nar/gkx828
取决于我
进口我	mnem
建议我
我的链接
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Linnorm_2.18.0.tar.gz
Windows二进制	Linnorm_2.18.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Linnorm_2.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Linnorm
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Linnorm
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Linnorm/
包下载报告	下载数据