LRcell

DOI:10.18129 / B9.bioc.LRcell

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅LRcell。

微分细胞类型变化分析使用物流/线性回归

Bioconductor版本:3.14

LRcell的目标是识别特定sub-cell类型驱动的变化观察大部分RNA-seq差异基因表达的实验。为了达到这个目标,LRcell利用组细胞标记基因获得从单细胞RNA-sequencing (scRNA-seq)作为指标对各种细胞类型组织的利益。接下来,对于每一个细胞类型,利用其标记基因指标,我们运用逻辑回归的全套基因与微分表达式假定值来计算一个程控假定值意义。最后,这些假定值比较来预测哪一个(s)很可能负责微分基因表达模式中观察到大部分RNA-seq实验。LRcell LRpath启发了[@sartor2009lrpath]算法由裁缝et al .,最初设计用于路径/基因集富集分析。LRcell包含三个主要组件:LRcell分析、情节生成和标记基因的选择。所有模块在这个包中都写在r .这个包还提供了标记基因在人类大脑前额叶皮层(pFC)地区,人类PBMC和九个老鼠大脑区域(额叶皮层、小脑、苍白球,海马体,Entopeduncular,后皮层、纹状体、黑质和丘脑)。

作者:文静马(cre, aut)

维护人员:文静马<文静。马在emory.edu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“LRcell”)

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文档

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HTML	R脚本	LRcell装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,回归,测序,SingleCell,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1),ExperimentHub,AnnotationHub
进口	BiocParallel,dplyr,ggplot2,ggrepel,magrittr统计,跑龙套
链接
建议	LRcellTypeMarkers,BiocStyle,knitr,rmarkdown,roxygen2,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/marvinquiet/LRcell/issues
取决于我
进口我
建议我	LRcellTypeMarkers
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	LRcell_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	LRcell_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	LRcell_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LRcell
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ LRcell
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LRcell/
包下载报告	下载数据