花边
DOI:10.18129 / B9.bioc.LACE
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅花边。
纵向分析癌症的演化(花边)
Bioconductor版本:3.14
花边是一个算法框架,流程单细胞体细胞突变概要文件从癌症样本收集在不同的时间点,在不同的实验设置,产生纵向癌症演化的模型。系统的方法解决了布尔矩阵分解问题约束,通过最大化似然函数计算在多个时间点。
作者:丹尼尔Ramazzotti (aut)
,Fabrizio Angaroni (aut),大卫Maspero (cre, aut),亚历克斯Graudenzi (aut),卢卡·德·佐(aut)
维护人员:大卫。Maspero < d。在campus.unimib.it maspero >
从内部引用(R,回车引用(“花边”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“花边”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“花边”)
| R脚本 | 花边 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | BiomedicalInformatics,SingleCell,软件,SomaticMutation |
| 版本 | 1.6.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.11 (r - 4.0)(2年) |
| 许可证 | 文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.1.0) |
| 进口 | data.tree、图形、grDevicesigraph平行,RColorBrewer,Rfast统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocGenerics,BiocStyle,testthat,knitr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/BIMIB-DISCo/LACE |
| BugReports | https://github.com/BIMIB-DISCo/LACE |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | LACE_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | LACE_1.6.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | LACE_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LACE |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/花边 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/LACE/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
