KnowSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.KnowSeq

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见KnowSeq

KnowSeq R/Bioc包:智能转录组管道

Bioconductor版本:3.14

KnowSeq提出了一种新的方法,包括转录组基因表达分析中最相关的步骤。KnowSeq有望成为一种综合工具,可以处理和提取相关的生物标记物,并通过机器学习方法对其进行评估。最后,KnowSeq的最后一个目标是从生物标记物中提取生物学知识(基因本体富集、路径列表和可视化以及与所处理疾病相关的证据)。尽管该包允许手动分析所有数据,但KnowSeq的主要优势是可以执行自动和智能的HTML报告,将所有涉及的步骤收集到一个文档中。重要的是要强调管道是完全模块化和灵活的,因此它可以从任何不同的步骤开始。KnowSeq有望成为一种新颖的工具,帮助该领域的专家获得可靠的知识和结论,用于研究数据和疾病。

作者:Daniel Castillo-Secilla [aut, cre], Juan Manuel Galvez [ctb], Francisco Carrillo-Perez [ctb], Marta Verona-Almeida [ctb], Daniel Redondo-Sanchez [ctb], Francisco Manuel Ortuno [ctb], Luis Javier Herrera [ctb], Ignacio Rojas [ctb]

维护者:Daniel Castillo-Secilla <套在ugr.es>

引文(从R内,输入引用(“KnowSeq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“KnowSeq”)

超文本标记语言 R脚本 KnowSeq用户指南
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文本 新闻

细节

biocViews 对齐BatchEffect分类DataImportDifferentialExpressionFeatureExtractionGeneExpressionGeneSetEnrichment遗传学ImmunoOncology微阵列归一化通路预处理质量控制RNASeq测序软件SystemsBiology转录组
版本 1.8.1
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 4.0),cqn(> = 1.28.1)
进口 stringr、方法、ggplot2(> = 3.3.0),jsonlitekernlabrlistrmarkdownreshape2e1071randomForest脱字符号XML标明的R.utilshttr股东价值分析(> = 3.30.1),刨边机(> = 3.24.3),limma(>= 3.38.3), grDevices,图形,统计,utils,Hmisc(> = 4.4.0),gridExtra
链接
建议 knitr
SystemRequirements
增强了
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 KnowSeq_1.8.1.tar.gz
Windows二进制 KnowSeq_1.8.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) KnowSeq_1.8.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KnowSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/KnowSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/KnowSeq/
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