KEGGgraph

DOI:10.18129 / B9.bioc.KEGGgraph

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅KEGGgraph

KEGGgraph:图方法在R和Bioconductor KEGG通路

Bioconductor版本:3.14

KEGGGraph KEGG通路之间的接口和图形对象以及一组工具来分析,剖析这些图形和可视化。它解析定期更新KGML (KEGG XML)文件到图模型属性维护所有必要的途径。包提供的功能包括解析、图形操作、可视化等。

作者:大卫•张Jitao保罗·香农的输入

维修工:Jitao大卫张< jitao_david。张在roche.com >

从内部引用(R,回车引用(“KEGGgraph”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“KEGGgraph”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“KEGGgraph”)

PDF R脚本 KEGGgraph:应用实例
PDF R脚本 KEGGgraph: KEGG通路图方法
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GraphAndNetwork,KEGG,通路,软件,可视化
版本 1.54.0
Bioconductor自 BioC 2.4 (r - 2.9)(13岁)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 方法,XML(2.3 > = 0),跑龙套,RCurl,Rgraphviz
链接
建议 RBGL,testthat,RColorBrewer,org.Hs.eg.db,hgu133plus2.db,SPIA
SystemRequirements
增强了
URL http://www.nextbiomotif.com
取决于我 ROntoTools,SPIA
进口我 限幅器,DEGraph,EnrichmentBrowser,KEGGlincs,MetaboSignal,MWASTools,NCIgraph,pathview,
建议我 DEGraph,GenomicRanges
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 KEGGgraph_1.54.0.tar.gz
Windows二进制 KEGGgraph_1.54.0.zip
macOS 10.13(高山脉) KEGGgraph_1.54.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KEGGgraph
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ KEGGgraph
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/KEGGgraph/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网