InteractionSet

DOI:10.18129 / B9.bioc.InteractionSet

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InteractionSet

基类来存储基因组交互数据

Bioconductor版本:3.14

提供了GInteractions, InteractionSet ContactMatrix对象和相关的方法来存储和操纵基因交互数据从高c和ChIA-PET实验。

作者:亚伦Lun (aut (cre),马尔科姆·佩里(aut),伊丽莎白Ing-Simmons (aut)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“InteractionSet”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InteractionSet”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“InteractionSet”)

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文本 新闻

细节

biocViews DataRepresentation,,基础设施,软件
版本 1.22.0
Bioconductor自 BioC 3.3 (r - 3.3)(6年)
许可证 GPL-3
取决于 GenomicRanges,SummarizedExperiment
进口 方法,矩阵,Rcpp,BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges,GenomeInfoDb
链接 Rcpp
建议 testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL
取决于我 diffHic,GenomicInteractions,MACPET,nullrangesData,sevenC
进口我 CAGEfightR,ChIPpeakAnno,HiCcompare,HiCDCPlus,nullranges,trackViewer
建议我 CAGEWorkflow,plotgardener
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 InteractionSet_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 InteractionSet_1.22.0.zip
macOS 10.13(高山脉) InteractionSet_1.22.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InteractionSet
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InteractionSet
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/InteractionSet/
包下载报告 下载数据

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