InPAS

DOI:10.18129 / B9.bioc.InPAS

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InPAS

Bioconductor包识别小说从RNA-seq数据替代聚腺苷酸化网站(PAS)

Bioconductor版本:3.14

可变聚腺苷酸化(APA)是一种重要的转录后调控机制发生在大多数人类基因。InPAS有助于发现小说APA网站和微分APA网站从RNA-Seq数据的使用。它利用cleanUpdTSeq微调了APA网站通过消除虚假网站。

作者:Jianhong Ou (aut (cre),叫海波刘(aut),丽华朱莉·朱(aut) Sungmi m .公园(aut),迈克尔·r·格林(aut)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

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安装

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文本 新闻

细节

biocViews AlternativeSplicing,报道,DifferentialSplicing,GeneRegulation,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录
版本 2.2.0
Bioconductor自 BioC 3.1 (r - 3.2)(7年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R(> = 3.1),方法,Biobase,GenomicRanges,S4Vectors
进口 AnnotationDbi,BSgenome,cleanUpdTSeq,preprocessCore,IRanges,GenomeInfoDb,depmixS4,limma,BiocParallel,Biostrings,dplyr,magrittr,plyranges,readr,RSQLite,DBI,purrr,GenomicFeatures,ggplot2,reshape2
链接
建议 RUnit,BiocGenerics,BiocManager,rtracklayer,BiocStyle,knitr,减价,rmarkdown,EnsDb.Hsapiens.v86,EnsDb.Mmusculus.v79,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene
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源包 InPAS_2.2.0.tar.gz
Windows二进制 InPAS_2.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉) InPAS_2.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InPAS
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InPAS
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/InPAS/
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