IRISFGM

DOI:10.18129 / B9.bioc.IRISFGM

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见IRISFGM．

基于单细胞RNA-Seq的基因互作网络综合分析

Bioconductor版本:3.14

单细胞RNA-Seq数据有助于发现癌症和其他复杂疾病中特定细胞群中的细胞异质性和特征基因。具体而言，功能基因模块(FGM)的研究有助于理解基因交互网络和复杂的生物学过程。QUBIC2被认为是从scRNA-Seq数据中鉴定FGM最高效和最有效的工具之一。然而，它的可用性仅限于C实现，而且它的应用能力仅受少数下游分析功能的影响。我们开发了一个名为IRIS-FGM(用于功能基因模块分析的综合scRNA-Seq解释系统)的R包，以支持使用scRNA-Seq数据对fgm和细胞聚类的研究。在QUBIC2的支持下，IRIS-FGM可以识别共表达和共调控的fgm，预测类型/聚类，识别差异表达基因，并进行功能富集分析。值得注意的是，IRIS-FGM也适用于修拉的对象，可以很容易地用于修拉的小插图。

作者:常玉舟[aut, cre]，马秦[aut]， Carter Allen [aut]，钟东军[aut]

维护者:禹州昌<禹州。Chang在osumc.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("IRISFGM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“IRISFGM”)

超文本标记语言	R脚本	IRIS-FGM装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataImport，DifferentialExpression，DimensionReduction，GeneExpression，归一化，预处理，SingleCell，软件，可视化
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1)
进口	Rcpp(> = 1.0.0),制程，anocva，彩色，RColorBrewer，色彩，AnnotationDbi，ggplot2，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，pheatmap，AdaptGauss，DEsingle，DrImpute，矩阵，修拉，SingleCellExperiment，clusterProfiler，ggpubr，ggraph，igraph，mixtools，嘘，食物，统计，方法，grDevices，图形，utils，knitr
链接	Rcpp
建议	rmarkdown
SystemRequirements
增强了
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全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	IRISFGM_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	IRISFGM_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	IRISFGM_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IRISFGM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IRISFGM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IRISFGM/
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