河马
DOI:10.18129 / B9.bioc.HIPPO
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅河马。
Heterogeneity-Induced预处理工具
Bioconductor版本:3.14
对于scRNA-seq数据,它选择特性和集群的细胞同时为单细胞UMI数据。它有一个新的特征选择方法使用零通胀而不是基因变异,并且计算速度比其他现有的方法,因为它只依赖于PCA + Kmeans集群而不是graph-clustering或共识。
作者:Tae金(aut (cre) Mengjie陈(aut)
维修工:Kim Tae < tk382 uchicago.edu >
从内部引用(R,回车引用(“河马”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“河马”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“河马”)
| HTML | R脚本 | 实例分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,测序,SingleCell,软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.11 (r - 4.0)(2年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.6.0) |
| 进口 | ggplot2、图表、数据、reshape2,gridExtra,Rtsne,umap,dplyr,rlang,magrittr,irlba,矩阵,SingleCellExperiment,ggrepel |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/tk382/HIPPO |
| BugReports | https://github.com/tk382/HIPPO/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | HIPPO_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | HIPPO_1.6.0.zip(32位和64位) |
| macOS 10.13(高山脉) | HIPPO_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIPPO |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/河马 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/HIPPO/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
