河马

DOI:10.18129 / B9.bioc.HIPPO

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅河马

Heterogeneity-Induced预处理工具

Bioconductor版本:3.14

对于scRNA-seq数据,它选择特性和集群的细胞同时为单细胞UMI数据。它有一个新的特征选择方法使用零通胀而不是基因变异,并且计算速度比其他现有的方法,因为它只依赖于PCA + Kmeans集群而不是graph-clustering或共识。

作者:Tae金(aut (cre) Mengjie陈(aut)

维修工:Kim Tae < tk382 uchicago.edu >

从内部引用(R,回车引用(“河马”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“河马”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“河马”)

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文本 新闻

细节

biocViews 聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,测序,SingleCell,软件
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.6.0)
进口 ggplot2、图表、数据、reshape2,gridExtra,Rtsne,umap,dplyr,rlang,magrittr,irlba,矩阵,SingleCellExperiment,ggrepel
链接
建议 knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/tk382/HIPPO
BugReports https://github.com/tk382/HIPPO/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 HIPPO_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 HIPPO_1.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) HIPPO_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIPPO
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/河马
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/HIPPO/
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