HGC

DOI:10.18129 / B9.bioc.HGC

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HGC。

一个快速分层图论聚类法

Bioconductor版本:3.14

HGC(分层的基于聚类的缩写)是一个R包进行层次聚类在大规模的单细胞RNA-seq (scRNA-seq)数据。细胞的关键思想是构建系统树图上共享最近邻(SNN)图。HGC提供了建筑图和功能进行分层聚类图。老R版本的用户可以访问https://github.com/XuegongLab/HGC/tree/HGC4oldRVersion获取HGC包建3.6 R。

作者:邹子恒(aut),华亏(aut) XGlab (cre (cph)

维护人员:XGlab < XGlab mail.tsinghua.edu.cn >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HGC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HGC”)

HTML	R脚本	HGC包手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DNASeq,GraphAndNetwork,RNASeq,SingleCell,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	Rcpp(> = 1.0.0),RcppEigen(> = 0.3.2.0),矩阵,RANN,猿,dendextend,ggplot2,mclust,拼接而成,dplyrgrDevices方法,统计数据
链接	Rcpp,RcppEigen
建议	BiocStyle,rmarkdown,knitr,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	c++ 11
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HGC_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	HGC_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	HGC_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HGC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HGC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HGC/
包下载报告	下载数据